Am 13. März 2024 fand das 3. IT Onkologie Meeting des BZKF in Erlangen statt, bei dem sich IT-Spezialistinnen und Spezialisten sowie Klinkerinnen und Kliniker der bayerischen Universitätsklinika zum Austausch über gemeinsame IT-Projekte zusammengefunden haben. Das BZKF-Netzwerk wurde 2019 gegründet, damit nachhaltige, vernetzte Strukturen für die Spitzenforschung mit Breitenwirkung für alle Patientinnen und Patienten in Bayern entstehen. Das BZKF-IT-Konzept hat zum Ziel, die informationstechnologische Infrastruktur und deren Entwicklungen zu einem homogenen Gesamtbild zusammenzuführen sowie die Daten für gemeinsame Forschungsprojekte nutzbar zu machen. Unter den 50 Teilnehmenden waren unter anderem die Leitungen der Datenintegrationszentren, die führenden IT- und klinischen projektbeteiligen Personen aus allen sechs Standorten und das Team der IT-Koordination der BZKF-Geschäftsstelle.
Fortschritt des Infrastrukturaufbaus
Das Treffen bot vielfältige Möglichkeiten für konstruktive Gespräche und den persönlichen Austausch zu fachspezifischen Themen. Geleitet wurde das Treffen von Prof. Prokosch, BZKF-IT-Berater, Sprecher des BZKF-Leuchtturms KI & Bioinformatik, CIO des Uniklinikums Erlangen und Lehrstuhlinhaber für Medizinische Informatik an der FAU, der im BZKF den Aufbau einer vernetzten und harmonisierten Dateninfrastruktur federführend koordiniert.
Prof. Prokosch berichtete über den Fortschritt des Infrastrukturaufbaus für die BZKF-Onkologische Real World Daten-Integrationsplattform (oRWDP). Hierbei ist die Extraktion des onkologischen Basisdatensatzes (oBDS) aller sechs Standorte in eine datenschutzkonforme Plattform (DataSHIELD) gelungen. Aufbauend auf diesem Ergebnis finden erstmals verteilte Analysen statt, welche aktuell durch Datenqualitätskontrollen validiert werden. Im weiteren Verlauf der Veranstaltung erläuterte die Teilprojektleitung Jasmin Ziegler (M.Sc.) den Status Quo dieser Analysen und wie sich diese in die Leuchtturmstrukturen KI und Bioinformatik (maschinelles Lernen) einbetten, um KI-Algorithmen zu entwickeln und trainieren zu können.
Aktueller Status des BZKF-BORN-Projekts
Herr Prof. Matthias May, leitender Oberarzt des Radiologischen Instituts des UK Erlangens, präsentierte den aktuellen Status des BZKF-BORN-Projekts. Seit Anfang des Jahres 2024 werden an allen Standorten die gemeinsam erarbeiteten, tumorentitätsspezifischen Befundungstemplates lokal eingesetzt (Roll-Out). Derzeit befindet sich das Projekt in der Phase der Validierungsauswertung sowie der Integration in die BZKF-IT-Infrastruktur um somit die Daten auch für Auswertungsfragestellungen von Studienprojekten des BZKF bereitstellen zu können.
Anschließend wurde das Datenintegrationskonzept des Use-Case: Kooperation der Studiengruppe Lebertumoren (HCC-Registerstudie), BORN und den Datenintegrationszentren (DIZ) unter der Leitung des Leuchtturms KI und Bioinformatik durch Manuel Nickel (MRI/TU München) vorgestellt. Die Zusammenführung der Daten soll ebenfalls verteilte Auswertungen unter Nutzung der an den DIZ des BZKF dafür etablierten DataSHIELD Infrastrukturen mit zu Grunde liegenden OPAL Datenbanken ermöglichen.
Weitere Themen waren die aktuellen Datenflüsse der BZKF-AYA-Studie, in der Daten zu Bildgebung, Qualitätssicherung in der Strahlentherapie, Flüssigbiopsien und zielgerichtete Therapieansätze gesammelt und mit klinischen Daten bioinformatisch verknüpft werden sollen. Zur Diskussion stand die Herausforderung der möglichen Integration in die oRWDP. Herr Dr. Schönecker (LMU Klinikum München) präsentierte zu dem die konzeptionelle Möglichkeit der Einbindung der Dosimetrie-Software ProKnow in das Projekt.
Die Verfügbarkeit von histologischen Bilddaten für die perspektivische BZKF-weite Nutzung wurde anhand der laufenden Bestandsanalyse der Bilddaten von Herrn Dr. Johannes Raffler (UK Augsburg) vorgestellt. Die Bestandsanalyse wird voraussichtlich Ende Juni 2024 durch den Standort UK Augsburg und LMU München fertigstellt werden. Darauf aufbauend kann dann eruiert werden, welche dieser Daten für verteilte Analysen über die bereits etablierte Joint-Imaging-Plattform (JIP) genutzt werden können.
Erschließung und Nutzung von Daten mit der Software cBioPortal
Dr. Thomas Ramming berichtet im zweiten Teil der Veranstaltung über die Erschließung und Nutzung von Daten mit der Software cBioPortal für das Molekulare Tumorboard in Erlangen. Mit diesem Werkzeug können genetische Veränderungen im Tumor und klinische Daten des Patienten zusammen visualisiert werden und damit die Erarbeitung von Therapieempfehlungen und die Forschung unterstützen. Die Nutzung der für das Deutsche Netzwerk Personalisierte Medizin (dnpm) erfassten Daten und Erschließung der molekulargenetischen Analysedaten standen im Fokus des Vortrags, der mit einem Angebot für die mindestens BZKF-weite Zusammenarbeit endet.
Diskussion über den Aufbau von Strukturen für das Modellvorhaben Genomsequenzierung
Abschließend regten Dr. Alexander Kerscher und Paul-Christian Volkmer (M.Sc) die Diskussion über den Aufbau von Strukturen für das Modellvorhaben Genomsequenzierung nach § 64e SGB V an. Als Ausgangslage wurde die am UK Würzburg umgesetzte technische Datenlieferung des dnpm-Projekts und die mögliche Anpassung der DNPM-ETL-Strecke an die Anforderungen nach § 64e vorgestellt.
Das Meeting endete mit der Verabschiedung von Prof. Prokosch, der die Rolle als BZKF-IT-Berater an Prof. Boeker (MRI/TU München) übergeben wird. Prof. Mackensen (BZKF-Direktor) bedankte sich im Namen aller BZKF-Direktoren bereits zu Beginn des Meetings für den unermesslichen Einsatz von Prof. Prokosch zum Aufbau einer BZKF-IT-Infrastruktur.